Trečiojo filmo veiksmas prasidės ta pačia scena, kuria baigėsi antroji “Matrica”. Kadangi filmo scenarijus buvo kruopščiai slepiamas, teko pasikliauti filmo prodiuserio Džoelio Silverio žodžiais: “Tai bus nenutrūkstantis karas tarp Žmonių ir Mašinų.”
