Kenšinas Himura priešinasi paslaptingam ginklų pardavėjui Enisiui Yukisirui. Jis valdo pogrindinį Kinijos pasaulį. Taip pat atskleidžiama Kenšino Himura „Jujishou“ paslaptis.
Kenšino praeitis jį užklumpa ir tampa užeigos „Akabeko“ sunaikinimo priežastimi, kuri buvo mėgstamiausia Kenšino valgymo vieta. Ten jis randa raštelį su ant jo parašytu žodžiu „Junchu“.
Kenšinas Himura sukyla prieš tikrąjį blogio įsikūnijimą – Makoto Šišio, kuris bando nuversti Meidži vyriausybę. Šalies likimas pakimba ant plauko, kai Kenšinas Himura išsitraukia kardą, kurio buvo prisiekęs daugiau nebeliesti.
“Rurouni Kenšinas” pasakoja apie klajoklį Kenšiną Himurą, besinešiojantį kardą atbulais ašmenimis – simbolį priesaikos, jog daugiau nieko nebežudys. O priežastis tam yra, kadangi šis veikėjas per revoliuciją buvo žinomas Hitokiri Batusai vardu. Per karą Batusai buvo negailestingas žudikas, kurio sugebėjimai jį buvo pavertę beveik masiniu ginklu.
Šišio išplaukė savo šarvuotu laivu nuversti Meidži vyriausybę bei grąžinti Japoniją į chaosą. Su savimi jis gabenasi Kaoru. Norėdamas sustabdyti jį laiku, Kenšinas treniruojasi su savo senuoju meistru, turėdamas tikslą paskutinį kartą pakelti savo meistriškumo lygį.
